Для вторичной очистки зерна, прошедшего первичную очистку и предназначенного в качестве посевного материала, применяют сложные зерноочистительные машины. Довести семена по чистоте до показателей посевного стандарта при вторичной очистке можно только на сложных воздушно-решетных машинах. Строго по времени сроки вторичной очистки обработки не лимитированы, т. к. на окончательную очистку поступает сухая и достаточно очищенная зерновая масса.

После первичной очистки обработанный материал обычно содержит не более 3 % сорной примеси, имеет нормальную влажность, и, следовательно, с такими качественными показателями зерновая масса вполне стойка в хранении.