Т-16 отримав восьмиступінчасту (7 вперед та 1 назад), механічну коробку передач. Вали в коробці відносно поздовжньої осі мають поперечне розташування. Така конструкція дозволила зробити її компактнішою, а так само використовувати циліндричні шестерні при передачі обертання диференціалу. Від силової установки за допомогою конічної шестерні головного валу зчеплення, момент, що крутить, передається на КПП. Спеціальний механізм блокування повністю виключає перемикання швидкостей, при не повністю вимкненому зчепленні. Т-16 має напівнезалежний вал відбору потужності, розташований він у лівій частині корпусу головної передачі.